一、烽鼓不息 故土沦陷

1937年7月7日，日本帝国主义发动了卢沟桥事变。7月12日日军开始向天津进攻，7月30日天津沦陷。30日凌晨日军使用大炮向南开大学炮轰，清晨又派飞机轰炸，下午又派骑兵百余名，汽车数量，满载煤油到处放火，南开大学毁于一旦。南开大学的学生与教职员不得不撤离天津。

二、三校南渡 学府北辰

北平、天津沦陷后，教育部决定南开大学、清华大学、北京大学共同在湖南长沙组成一所临时大学。不久后，南京沦陷，武汉告急，教育部决定临时大学再迁昆明。1938年1月，学校常务委员会决定，教职员与学生要在3月15日以前到达昆明报到。此次迁移分两路进行，一路八百人乘铁路到达，另一路三百余人由黄钰生、侯洛荀两位教师带领，步行前往昆明。冬季天气寒冷，行路艰难，这队“湘黔滇旅行团”翻山越岭，3月30日才到达贵阳，4月28日终于抵达昆明。

在步行团到达昆明前，1938年4月2日，国立西南联合大学正式成立，学校的大政方针由张伯苓、梅贻琦、蒋梦麟三位校长组成的常委会主持。西南联大建立之初设有4个学院、17个系，原南开大学经济学系划入法商学院，同时还有法律学专业、政治学系、商学系、社会学系。法商学院院长由陈序经担任。经济学系系主任为陈岱孙，后为赵遒搏、徐毓楠。

三、困中求索 荣耀经院

经济学系是联大的第一大系。其学生由原三校的学生共同组成，而教师基本来自北京大学。原先南开大学经济学系的教师大部分在商学系任教，如方显廷、陈序经等。1939年，法商学院共有学生471名，占全校学生总数814名的57.86%，而经济学系就有学生232名。到1943年下学期，有学生240名。1945年联合大学快要结束时，经济学系共有教师18名。

南开大学经济研究所因受战时环境和经费限制，不得不缩小规模，裁减人员，使研究工作受到极大损失。直到1939年联大恢复研究机构时，它才在重庆开始工作，并在昆明金碧路复兴村59号设立一个办事处。1941年全所共有27人，其中研究员和教员18人。从1942年至1945年又陆续增加了几名本所留下来的研究生。杨叔进、桑恒康、滕维藻等就是其中的代表。此时经济研究所以研究战时的经济问题为主要任务。

在这一阶段，南开经济学系原先的师生团队在西南联大进行了调整、改编；经济研究所单独设置在重庆；战时环境下教师也无法进行正常的经济调查活动。因此，南开经济学科教学科研一体化的体制被迫中断。