在经济学院成立后的数年间，学院教学科研的多方面工作取得的成就令人为之振奋，然而时局的变迁也使经济学院的建制及学科发展长期处于异常的曲折之中。二十世纪三十年代的中国，国内政治动荡、战火纷飞，南开经济学科也跌宕起伏。

1934年3月，国民党政府教育部派专员来南开大学视察。7月23日学校接到该部“训令”“经济学院应立即取消”，“原有经、商两院应斟酌裁并，呈部备核”。其理由是“大学组织法中无经济学院之名称”。无奈学校9月16日行文呈报教育部：已遵令取消经济学院，原有关于教学之事务并入商学院，其研究工作归入经济研究所。1934年秋经济学院被迫取消，与商学院合并。这种做法体现了国民政府时期教育系统的黑暗与严重不公。作为私立学校，南开大学在教育系统成为被不公平对待的“少数派”。何廉在回忆录中如此评价当时的高等教育界：

“我们都不自觉地成了同行间嫉妒的牺牲品。多数派控制中国高等教育的唯我独尊政策以及某些领导成员党同伐异的作风，使得教育界的少数派忧心忡忡，深为不安。”

院系合并后，原经济学院的各系归入商学院，何廉担任商学院院长、经济学系主任与经济研究所所长三项职务。“九一八“事变之后，日军占据东北地区，并不断向华北渗透、骚扰。同时，南开大学的师生不断发起反帝爱国的民主运动，对抗日军侵略势力与国内反动势力。1935年，北平学生发起”一二九“爱国运动，南开大学迅速相应，进行游行、罢课、南下请愿等行动，坚持斗争。

在一系列反帝爱国活动中，南开大学经济学科的师生总是站在斗争的前列。九一八事变后，南开大学迅速成立了“国难急救会“，其中的谷源田和乐永庆就是经济研究所的教师。1935年，经济学系学生徐天语担任学生会主席，领导学生们的爱国行动。1937年2月，经济研究所职员李文定在中共天津市委的指示下创办刊物《世界》，在宣传群众、指导和推动爱国活动等方面起到了很大作用。

1937年7月7日，日军发动了卢沟桥事变，开始全面侵华战争。7月12日，日军开始进攻天津，十八天后，天津沦陷。三十日下午，日方派出部队破坏南开校园。秀山堂、思源堂等大部分学校建筑物被炸毁或烧毁，大批图书被日军掠走。教师和学生的大量财物也遭受损失。这是南开大学建立以来遭遇的巨大浩劫，自此，南开大学校园被日本侵略者占据达八年之久。